TopLogic speichert sowohl Modell- als auch Anwendungsdaten in einer relationalen Datenbank. HIerfür wird eine Abstraktionsschicht benutzt, die TopLogic von dem konkret verwendeten Datenbanksystem unabhängig macht. Daher können alle gängigen relationalen Datenbanken als Daten-Backend für eine TopLogic Anwendung verwendet werden, vgl. Systemvoraussetzungen

Um die Datenbenkunabhängigkeit zu erreichen, verwendet TopLogic eine eigene XML-Deklarationssprache für die Schemadefinition, siehe DatabaseDefinition. Diese Schemadeklaration wird dann je nach verwendetem Datenbanksystem in den SQL-Dialekt der jeweiligen Zieldatenbank übersetzt. Dieser Abstraktionslevel bei der Schemadefinition erleichtert es außerdem, die technischen Voraussetzungen zu erfüllen, die an Tabellen gestellt werden, welche TopLogic für die Speicherung von Objekten verwendet, vgl. Technische Spalten.

In vielen Fällen muss sich ein Entwickler aber gar nicht um das Datenbankschema kümmern. TopLogic wählt automatisch für ein Modell eine passende generische Tabellenstruktur, in der die Anwendungsdaten abgelegt werden können, vgl. Generische Speicherung. Nur zu Optimierungszwecken kann es bei umfangreichen Datenbeständen notwendig sein, das Datenbankschema anzupassen.

Trotz der genersichen Speicherung ist es aber prinzipiell trotzdem mögllich eine TopLogic Datenbank auch mit externen Werkzeugen zu analysieren. Ein Beispiel hierfür wird   Beispiel gegeben.